ICS 65.020.30 CCS B43 43 湖南省地方 标准 DB 43/T 3045—2024 地方猪品种纯度基因组鉴定技术规程 Technical code for genomic identification of breed purity in local pigs 2024 - 08 - 30发布 2024 - 11 - 30实施 湖南省市场监督管理局 发布 DB 43/T 3045— 2024 I 目次 前言 ................................................................................. II 1 范围 ............................................................................... 1 2 规范性引用文件 ..................................................................... 1 3 术语和定义 ......................................................................... 1 4 操作步骤要求 ....................................................................... 1 基因型检测 ..................................................................... 1 SNP面板构建 .................................................................... 1 SNP面板与统计模型组合选择 ...................................................... 2 个体GBC值计算 ................................................................. 2 纯种个体判定 ................................................................... 2 5 档案管理 ........................................................................... 2 附录A（资料性） 个体GBC值计算公式 ................................................... 3 A.1 混合模型 ....................................................................... 3 A.2 线性回归模型 ................................................................... 3 A.3 通径分析模型 ................................................................... 3 DB 43/T 3045— 2024 II 前言 本文件按照 GB/T 1.1 —2020《标准化工作导则 第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定 起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件由湖南省农业农村厅提出。 本文件由湖南省农业标准化技术委员会归口。 本文件起草单位：湖南农业大学、湖南楚沩香农牧股份有限公司、安徽农业大学、宁乡市农业农村 局。 本文件主要起草人：张跃博、何俊、杨芳、高宁、 李智、曾青华、丁小玲、 刘娟、唐志强、 戴文静、 陆鹏。 DB 43/T 3045— 2024 1 地方猪品种纯度基因组鉴定技术规程 1 范围 本文件规定了地方猪品种纯度基因组鉴定技术操作步骤要求和档案管理。 本文件适用于湖南地方猪品种纯度鉴定，其他畜禽品种也可参照使用。 2 规范性引用文件 下列文件中的内容通过文中的规范性引用而构成本文件必不可少的条款。 其中， 注日期的引用文件， 仅该日期对应的版本适用于本文件；不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本 文件。 NY/T 1673 畜禽微卫星 DNA遗传多样性检测技术规程 DB43/T 3044 猪基因组选择 育种技术规程 3 术语和定义 NY/T 1673 界定的以及下列术语和定义适用于本文件。 基因组品种构成 genomic breed composition（GBC ） 待鉴定地方猪个体 基因组中 不同品种的遗传贡献 比例。 SNP面板 single nucleotide polymorphism (SNP) panel 以测序或者基因芯片检测方法获得 的参考群全部个体的基因组分型数据为基础，筛选并建立的用 于估计个体 GBC组分的SNP信息集合。 品种纯度 breed purity 在待鉴定地方猪个体的基因组中本品种所占比例，即本品种GBC 值。 4 操作步骤要求 基因型检测 按照DB43/T 304 4的规定执行 。 SNP面板构建 4.2.1 参考猪种基因组信息收集 根据待鉴定个体特征收集或构建参考猪种基因组分型信息。要求每个参考猪种基因组信息的个体 数不少于 100头，家系数不少于 6个，并尽量覆盖所有家系 。 4.2.2 参考猪种基因组信息 质控 DB 43/T 3045— 2024 2 采用品种似然值法剔除每个品种中不具备该品种遗传特征的极端个体，剔除比例不超过 5%。 4.2.3 参考猪种等位基因频率计算 利用基因组信息，根据式（1）计算各参考猪种每个 SNP的A等位基因频率。 𝐹𝐹𝐹𝐹𝐹𝐹𝐹𝐹 (𝐴𝐴)=(2×𝑛𝑛𝐴𝐴𝐴𝐴+𝑛𝑛𝐴𝐴𝐴𝐴)/(2×𝑁𝑁) ····················································· (1) 式中： 𝑛𝑛𝐴𝐴𝐴𝐴——各猪种中 SNP基因型为 AA的个体数； 𝑛𝑛𝐴𝐴𝐴𝐴——各猪种中 SNP基因型为 AB的个体数； 𝑁𝑁——各猪种的有效动物个体数。 4.2.4 参考SNP的选择 根据本文件 4.2.3中参考猪种各SNP等位基因频率， 采用随机选择法、均匀分布法、最大化遗传距 离法或Wright的 Fst法等SNP筛选方法，获得高信息含量的 SNP，构建用于估计 GBC的不同密度 SNP 面板。 SNP面板与统计模型组合选择 4.3.1 通用组合法 应用均匀分布法筛选 1000个SNP位点构建 SNP面板，结合混合模型（ BL-Admixture ），构成通用 组合。 4.3.2 优化组合法 将所构建的 SNP面板与线性回归模型、混合模型或通径分析模型等统计模型进行两两组合，评估不 同组合的估计准确性，选择最优组合。 个体GBC值计算 选择本文件 4.3的组合估计待鉴定个体基因组中各参考猪种的遗传贡献比例，得到个体 GBC值 。计 算公式见附录 A。 纯种个体判定 GBC值应大于 0.94。 5 档案管理 收集的参考猪种基因组信息、构建的 SNP面板等文件以电子文档的方式保存。