(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202111133627.0 (22)申请日 2021.09.27 (71)申请人 上海爱谱蒂康生物科技有限公司 地址 201203 上海市浦东 新区自由贸易试 验区蔡伦路781号708、 709室 (72)发明人 李明珠　 (74)专利代理 机构 上海弼升知识产权代理有限 公司 31347 专利代理师 袁红 (51)Int.Cl. G16H 50/20(2018.01) G16B 35/00(2019.01) G06Q 10/04(2012.01) G06K 9/62(2022.01) G06F 30/27(2020.01)G01N 33/577(2006.01) G01N 33/574(2006.01) G06N 20/00(2019.01) (54)发明名称 一种乳腺良恶性肿瘤的检测方法和应用 (57)摘要 本发明提供了一种乳腺良恶性肿瘤的检测 方法和应用。 本发明以体液外泌体为样本， 利用 液相色谱串联质谱， 获取乳 腺良恶性肿瘤患者的 蛋白质表型、 建立基于蛋白质组学的乳腺良恶性 肿瘤检测和/或预测模型， 并提供了一种检测良 恶性肿瘤的试剂盒或芯片、 乳 腺良恶性肿瘤蛋白 标志物在制备试剂盒和/或芯片中的应用。 本发 明相对于组织活检术等传统检测方式具有检测 无创、 便捷等特点， 能准确地区分待测样本是否 为乳腺良性或恶性肿瘤样本 。 权利要求书3页 说明书7页 附图3页 CN 114664429 A 2022.06.24 CN 114664429 A 1.一种乳腺良恶性肿瘤检测 和/或预测模型的构建方法， 其特 征在于， 包 含以下步骤： (1)选择乳腺良性肿瘤/乳腺恶性肿瘤患者以及健康人群对照来源的体液外泌体为样 本， 建立训练集和验证集； (2)提取外泌体蛋白， 进行质谱分析、 多肽鉴定与蛋白质定量； (3)分析蛋白质的表达量， 筛 选蛋白质标记 物； (4)训练并验证乳腺良恶性肿瘤的检测 和/或预测模型。 2.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法， 其特征在于， 所述检测和/或 预测模型的训练基于 机器学习法。 3.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法， 其特征在于， 所述检测和/或 预测模型 的验证采用训练集样本作为内部验证， 采用验证集样本作为外部验证， 输出训练 集/验证集样本的良/恶性 概率， 绘制ROC曲线， 通过ROC曲线下面积评估 模型预测结果。 4.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法， 其特征在于， 所述体液外泌 体为健康人群、 乳腺良性患者、 乳腺恶性肿瘤即乳腺癌患者的血液、 唾液、 尿液或脑脊液外 泌体； 优选地， 所述血 液为血清或血浆。 5.根据权利要求1所述的检测和/或预测模型的构建方法， 其特征在于， 所述乳腺良性 肿瘤为纤维腺瘤或乳 头状瘤， 乳腺恶性肿瘤为乳腺原位癌或乳腺浸润性癌。 6.一种乳腺良恶性肿瘤检测和/或预测模型， 其特征在于， 通过利用权利要求1～5 中任 一项所述的构建方法建立， 基于所述模型的输出 结果判断是否为乳腺良/恶性肿瘤。 7.如下任意一种或多种乳腺良性肿瘤/乳腺恶性肿瘤的蛋白标志物在制备用于检测乳 腺良恶性肿瘤的试剂盒和/或芯片中的应用： ACTR3、 IGHV3 ‑53、 IGHV3 ‑33、 IGHV4 ‑34、 IGHV3 ‑23、 ARPC1A、 IGHV4 ‑59、 AP2A1、 SSC5D、 ATP2B2、 IGHV4 ‑39、 PUM1、 LMAN2、 COPE、 ARF5、 SEC31A、 ADD2、 PARK7、 IQGAP1、 FNBP1L、 BZW1、 PPL、 RPL6、 ADD1、 PDLIM1、 CNN2、 SDCBP、 CTNNA1、 SNX1、 TRIM29、 BAG3、 KIF5B、 PCBP1、 PRDX1、 ERC1、 SPTAN1、 EIF2A、 NOP56、 VASP、 PTPN1、 STAT1、 IDH1、 RDX、 GAPVD1、 SND1、 VASN、 KTN1、 EEF1G、 TJP1、 EHD1、 AFDN、 HNRNPK、 CTTN、 CAPZA1、 RPL24、 TAGLN2、 MAPRE1、 PFN1、 RAN、 DBN1、 PLEC、 EIF4G1、 APP、 PON1、 APOA2、 APOA1、 PCSK9、 APOA4、 APOC2、 LIPC、 APOC1、 ANGPTL3、 APOF、 APOE、 APOB、 APOL1、 APOL2、 F7、 LDHA、 HSP90AA1、 IGFBP2、 ANGPTL6、 MMP2、 PECAM1、 CYP1B1、 NAA15、 TYMP、 PGAM4、 PGK2、 HLA ‑H、 HLA‑B、 HLA‑C、 HLA‑G、 CTSS、 ITGB1、 IGLV3 ‑25、 CD44、 CXADR、 IGLV3‑27、 PVR和H CK。 8.根据权利要求7所述的应用， 其特征在于， 所述蛋白标志物包含如下8种乳腺良性肿 瘤/乳腺恶性肿瘤特异性的蛋白标志 物： STAT1、 PON1、 APOC1、 APOC2、 M MP2、 IGHV4 ‑39、 IGHV3 ‑53和ADD2。 9.根据权利要求7所述的应用， 其特征在于， 所述蛋白标志物包含全部的101种乳腺良 性肿瘤/乳腺恶性肿瘤特异性的蛋白标志 物。 10.根据权利要求7所述的应用， 其特征在于， 如下任意一种或多种所述乳腺良性肿瘤 的蛋白标志物在乳腺良性肿瘤患者的外泌体中的表达水平显著高于健康人群对照以及乳 腺恶性肿瘤即乳腺癌 患者的外泌体中的表达水平， 用于检测乳腺良恶性肿瘤： PARK7、 IQGAP1、 FNBP1L、 BZW1、 PPL、 RPL6、 ADD1、 PDLIM1、 CNN2、 SDCBP、 CTNNA1、 SNX1、权　利　要　求　书 1/3 页 2 CN 114664429 A 2TRIM29、 BA G3、 KIF5B、 PCBP1、 PRD X1、 ERC1、 SPTAN1、 EIF2A、 NOP56、 VASP、 PTPN1、 STAT 1、 IDH1、 RDX、 GAPVD1、 SND1、 VASN、 KTN1、 EEF1G、 TJP1、 EHD1、 AFDN、 HNRNPK、 CTTN、 CAPZA1、 RPL24、 TAGLN2、 MAPRE1、 PFN1、 RAN、 DBN1、 PLEC、 EIF4G1、 APP、 PON1、 APOA2、 APOA1、 PCSK9、 APOA4、 APOC2、 LIPC、 APOC1、 ANGPTL3、 APOF、 APOE、 APOB、 APOL1、 APOL2、 F 7、 LDHA、 HS P90AA1和IGFBP2。 11.根据权利要求10所述的应用， 其特征在于， 如下任意一种或多种所述乳腺恶性肿瘤 即乳腺癌的蛋白标志物在乳腺癌患者的外泌体中的表达水平显著高于健康人群对照以及 乳腺良性肿瘤中的表达水平， 用于检测乳腺良恶性肿瘤： ANGPTL6、 MMP2、 PECAM1、 CYP1B1、 NAA15、 TYMP、 PGAM4、 PGK2、 HLA ‑H、 HLA‑B、 HLA‑C、 HLA‑G、 CTSS、 ITGB1、 IGLV3 ‑25、 CD44、 CXADR、 IGLV3 ‑27、 PVR和H CK。 12.根据权利要求11所述的应用， 其特征在于， 如下任意一种或多种所述蛋白标志物在 乳腺良恶性肿瘤患者的外泌体中的表达水平显著低于健康人群对照中的表达水平， 用于检 测乳腺良恶性肿瘤： ACTR3、 IGHV3 ‑53、 IGHV3 ‑33、 IGHV4 ‑34、 IGHV3 ‑23、 ARPC1A、 IGHV4 ‑59、 AP2A1、 SSC5D、 ATP2B2、 IGHV4 ‑39、 PUM1、 LMAN2、 COPE、 ARF5、 SE C31A和ADD2。 13.根据权利要求10至12中任一项所述的应用， 其特征在于， 所述外泌体为乳腺良性肿 瘤的患者的血清外泌体或乳腺癌 患者的血清外泌体； 和/或， 所述表达水平为基因层面的表达水平、 转录层面的表达水平或蛋白质层面的表 达水平； 其中， 所述蛋白质层面的表达水平优选通过质谱、 Wester n印迹及ELISA的方法中的 一种或多种进行检测。 14.根据权利要求7至12中任一项所述的应用， 其特征在于， 所述乳腺恶性肿瘤为乳腺 原位癌或乳腺浸润性癌。 15.一种检测乳腺良恶性肿瘤的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包括鉴定如下任意一 种或多种乳腺良性肿瘤/ 乳腺恶性肿瘤特异性的蛋白标志 物的试剂： ACTR3、 IGHV3 ‑53、 IGHV3 ‑33、 IGHV4 ‑34、 IGHV3 ‑23、 ARPC1A、 IGHV4 ‑59、 AP2A1、 SSC5D、 ATP2B2、 IGHV4 ‑39、 PUM1、 LMAN2、 COPE、 ARF5、 SEC31A、 ADD2、 PARK7、 IQGAP1、 FNBP1L、 BZW1、 PPL、 RPL6、 ADD1、 PDLIM1、 CNN2、 SDCBP、 CTNNA1、 SNX1、 TRIM29、 BAG3、 KIF5B、 PCBP1、 PRDX1、 ERC1、 SPTAN1、 EIF2A、 NOP56、 VASP、 PTPN1、 STAT1、