(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 20221097891 1.6 (22)申请日 2022.08.16 (71)申请人 烟台毓璜顶医院 地址 264000 山东省烟台市芝罘区毓璜顶 东路20号 (72)发明人 宋西成　李玉梅　孙奇　路丛先　 牟亚魁　贾传亮　柳忠禄　 (74)专利代理 机构 烟台炳诚专利代理事务所 (普通合伙) 37258 专利代理师 曾莉 (51)Int.Cl. C12Q 1/6886(2018.01) G01N 33/574(2006.01) A61K 45/00(2006.01) A61P 35/00(2006.01)G16B 25/20(2019.01) G16B 30/00(2019.01) G16B 40/00(2019.01) (54)发明名称 一种与头颈鳞状细胞癌放疗敏感性相关的 预后标志 物、 预后及放疗风险评估方法的应用 (57)摘要 本发明公开了一种与头颈鳞状细胞癌放疗 敏感性相关的预后标志物， 所述预后标志物包括 如下基因： RASGEF1B基因、 TSPAN11基因、 TCEA3基 因、 ING4基因、 TPPP3基因、 MRPL33基因、 MYOF基 因、 VSIG4基因和LAP TM4B基因。 有 益效果： 提供构 建并验证了一个包含9 个放疗敏感性相关mRNA的 预后标志物， 用于预测头颈鳞状细胞癌患者的预 后情况， 且通过耐放疗细胞系与临床标本验证9 个mRNA与放疗 敏感性相关， 提供了一种头颈鳞状 细胞癌预后指标和9个有潜力的增强放疗效果的 mRNA基因靶点。 权利要求书2页 说明书9页 附图5页 CN 115198019 A 2022.10.18 CN 115198019 A 1.一种与头颈鳞状细胞癌放疗敏感性相关的预后标志物， 其特征在于： 所述预后标志 物包括如下基因： RASGE F1B基因、 TSPAN11基因、 TCEA3基因、 IN G4基因、 TPPP3基因、 MRPL33基 因、 MYOF基因、 VSIG4基因和LAPTM4B基因。 2.基因组合作为预后标志物在制备用于评估头颈鳞状细胞癌预后及放疗风险的产品 中的应用， 所述基因组合包括RASGEF1B基因、 TSPAN11基因、 TCEA3基因、 ING4基因、 TPPP3基 因、 MRPL33基因、 MYOF基因、 VSIG4基因和LAPTM4B基因， 所述评估头颈鳞状细胞癌预后及放 疗风险的产品包括检测所述基因组合的mRNA表达的产品， 所述评估头颈鳞状细胞癌预后及 放疗风险的方法包括以下步骤： (1)数据收集和处 理 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库获取头颈鳞状细胞癌患者RNA ‑seq数据和临床信息作 为训练队列； 从GEO数据库中下 载GSE65858数据集作为验证队列； (2)筛选差异表达基因 对步骤(1)中的基因进行识别， 通过符合选择 标准的R算法筛 选出差异 表达的基因； (3)筛选放疗敏感性相关基因 从GEO数据库获取GSE40020数据集， 通过符合选择标准的R筛选差异表达基因， 为放疗 敏感性相关基因。 (4)生存分析 对步骤(2)(3)中得到的差异表达基因取交集后通过R软件 “survival ”包进行单因素 Cox分析， Las so分析， 识别出与放疗敏感和生存相关基因； (5)预后风险评估 模型的开发 对步骤(4)所述的放疗敏感和生存相 关基因， 采用多因素Cox回归方法， 建立了预后风 险评估模 型， 所述模 型用于评估头颈鳞状细胞癌预后风险指数， 风险指数的计算公 式为： 风 险评分＝1.41*MRPL33+0.82*RASGEF1B+0.73*TSPAN11+0.82*TCEA3+1.23*MYOF+1.24* VISG4+1.18*LAPTM4B+0.81*I NG4+0.86 *TPPP3； (6)在训练集上验证模型 是否构建成功 根据步骤(5)所得的预后风 险评估模型计算TCGA数据集的风 险评分， 并将其分为高风 险组和低风险组， 对两组绘制ROC曲线和KM曲线， 评估 模型AUC和OS， 对两组进行生存分析； (7)在验证集中验证预后模型的准确性 在GEO数据集的验证队列中， 根据步骤(6)中预后标记的风 险分层， 验证高风险组的风 险系数和死 亡率是否高于低风险组的风险系数和死 亡率； (8)验证风险模型 所含基因在肿瘤 细胞系和耐放疗细胞系中的表达 差异 在已经建立好的耐放疗人下咽癌FaDu细胞系和放疗前FaDu细胞系中进行基因表达差 异检测验证。 3.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于： 在步骤(5)中， 所述风险评分高于中位风险 评分为高风险； 所述 风险评分低于中位 风险评分为低风险。 4.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于： 独立评估所述基因组合中每个基因 的mRNA 表达或蛋白表达水平， 以评估头 颈鳞状细胞癌对放 射治疗敏感性。 5.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于： 所述检测组合基因的mRNA表达水平或蛋白 表达水平的产品能够结合组合基因的核酸或能够结合组合基因所表达的蛋白的物质， 所述权　利　要　求　书 1/2 页 2 CN 115198019 A 2产品包括试剂、 试剂盒、 基因芯片、 试纸、 高通 量测序平台、 抗体芯片。 6.根据权利要求5所述的应用， 其特征在于： 所述产品包括通过测序技术、 核酸杂交技 术、 核酸扩增技术检测待测样本中基因组合mRNA的表达水平， 以及通过蛋白质印记技术、 ELISA技术、 质谱技术检测待测样本中蛋白的表达水平的试剂、 试剂盒、 试纸、 基因芯片、 抗 体芯片、 高通 量测序。 7.根据权利要求2所述的应用， 其特征在于： 所述检测基因组合mRNA或蛋白表达水平的 检测样本是新鲜的、 冷冻的或石蜡固定包埋的头 颈鳞状细胞癌组织。 8.一种如权利 要求1所述的预后标志物风险评估模型方程式： 风险评分＝1.41*MRPL33 +0.82*RASGEF1B+0.73*TSPAN11+0.82*TCEA3+1.23*MYOF+1.24*VISG4+1.18*LAPTM4B+ 0.81*ING4+0.86 *TPPP3 9.一种如权利要求1所述的预后标志物在制备头颈鳞状细胞癌 放疗敏感性和预后诊断 试剂中的应用。 10.一种如权利要求1所述的预后标志 物在制备头 颈鳞状细胞癌治疗药物中的应用。权　利　要　求　书 2/2 页 3 CN 115198019 A 3