(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210769027.1 (22)申请日 2022.06.30 (71)申请人 中国农业科 学院棉花研究所 地址 455112 河南省安阳市 市辖区白璧 镇 (72)发明人 杨召恩　张志斌　于霁雯　高晨旭　 葛晓阳　 (74)专利代理 机构 郑州中鼎万策专利代理事务 所(普通合伙) 41179 专利代理师 徐文婷 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 陆地棉D12号染色体与棕榈油酸关联的SNP 分子标记及其应用 (57)摘要 本发明公开了陆地棉D12号染色体与 棕榈油 酸关联的SNP分子标记及其应用， 所述SNP分子标 记为如SEQ  ID NO.1‑SEQ ID NO.27所示核苷酸 序列中至少一个。 本发明通过对1279 份棉花材料 进行了2年、 1个地点、 2个自然环境的种植， 并检 测 分 析 了 这 些 品 种 的 棕 榈 油 酸 。通 过 IlluminaHiseq测序平台对 这1279份棉花品种进 行基因组重测序， 获得高质量的cleandata， 亲本 平均测序 深度35X， 子代平均测序 深度4X以上。 通 过GWAS分析累计2个计算值， 获得至少在一个及 以上环境中稳定出现的与 陆地棉棕榈油酸关联 的SNP分子标记27个。 本发明不仅可用于棉花棕 榈油酸的早期预测和筛选， 还可用于高棕榈油酸 和低棕榈油酸棉花品种的选 育。 权利要求书1页 说明书4页 序列表5页 CN 114959106 A 2022.08.30 CN 114959106 A 1.陆地棉D12号染色体与棕榈油酸关联的SNP 分子标记， 其特征在于， 所述SNP 分子标记 为如SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.27所示核苷酸序列中至少一个。 2.根据权利要求1所述的SNP 分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子位点于序列第 51bp处 发生突变， 所述SNP分子标记的突变形式如下 所示： 3.一种权利要求1所述SNP分子标记在棉花棕榈油酸含量 早期预测 和筛选中的应用。 4.一种权利要求1所述SNP分子标记在棉花种质资源改良中的应用。 5.一种检测权利要求1所述SNP分子标记的引物或试剂。 6.一种检测权利要求1所述SNP分子标记的试剂盒。 7.一种含有权利要求1所述SNP分子标记的基因芯片。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114959106 A 2陆地棉D12号 染色体与棕榈油酸关联的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及与陆地棉棕榈油酸关联的SNP分子标记及其应用， 属于分子生物学、 生 物信息学 领域。 背景技术 [0002]植物油是一种重要得资源， 是膳食营养得来源之一， 也是生物燃料和润滑剂、 动 物 饲料等产品的重要原材料。 棉花(Gossypium  spp.)不仅一种重要的纤维 的作物， 同时还是 重要的食用油料作 物， 是全球第六大植物油料来源， 是中 国第四大植物油料来源， 在保障我 国食用油安全方面具有重要的作用。 棕榈油酸是一种omega ‑7不饱和脂肪酸， 其不仅可以改 善皮肤状况， 提高人体对胰岛素的敏感性， 降低肝脂肪的蓄积和减少炎症， 而且还可以降低 低密度脂蛋白胆固醇， 增加高密度脂蛋白胆固醇， 改善冠状动脉心脏疾病和高血压等。 我国 人口快速老龄化， 患糖尿病、 高脂血症等代谢综合征数量急剧增加， 对以棕榈油酸为主的 omega‑7脂肪酸保健产品以及医药制剂有更大的需求。 然而在棉花的研究及生产应用过程 中往往只重视产量和纤维品质的提升， 忽视棉籽油组分相关的研究， 导致棉籽油的产量和 品质低下， 市场认可度不高。 因此， 开展棉花棕榈油酸相关的研究， 对于提高棕榈油酸的产 量， 改良棉籽油的营养成分比例和商品货架期具有重要的意 义。 [0003]全基因组关联分析(Genome ‑wide association  study， GWAS)是一种对多个个体 在全基因组范围得遗传变异多态性与目标性状表型的多样性结合起来分析， 可直接鉴定出 与表型变异密切相关且具有特定功能的基因位点或标记位点。 在全基因组范围内进行整体 研究， 能够一次性对 优良性状进行轮廓性 概览， 适用于挖掘优良性状等的研究。 [0004]分子标记技术可以快速找到和棕榈油酸含量QTL紧密连锁的标记， 通过分子标记 对棕榈油酸含量进行辅助选择， 可以加快棉籽油品质的育种进程。 研究人员采用SLAF、 SSR 等分子标记技术对棉棕榈油酸候选基因初定位， 发现候选基因与分子标记的遗传距离普遍 较远， 说明棕榈油酸形成分子机制非常 复杂， 有待于深入研究和探索， 充分挖掘和利用这些 控制棕榈油酸的基因， 将丰富纤维品质改良的基因资源， 为培育出满足各种需求的棉花新 品种提供重要基础。 [0005]近年来， 随着高通量DNA测序技术的迅猛发展， 本发明人成功完成了1279份棉花 NAM群体资源的重测序。 通过生物信息学进行数据分析比对， 获得大量高质量的SNPs， 这些 SNPs可用于单体型图谱、 遗传图谱、 关联性图谱、 指纹图谱的构建， 为分子育种、 系统进化、 种质资源鉴定提供重要保障。 本发明利用全基因组关联分析发掘了与陆地棉棕榈油酸关联 的一批SNP分子标记， 为分子标记辅助选择及聚合育种改良棉籽油品质奠定 了基础。 发明内容 [0006]针对现有技术的不足， 本发明的目的是提供一批与陆地棉棕榈油酸关联的SNP分 子标记及其应用。 [0007]为了实现上述目的， 本发明的技 术方案是：说　明　书 1/4 页 3 CN 114959106 A 3