ICS65.020.01 CCS B 21 NY 中华人民共和国农业行业标准 NY/T 2745—2021 代替NY/T2745—2015 水稻品种真实性鉴定 SNP标记法 Rice (Oryza sativa L.)variety genuineness identification- 行业标准信息服务平台 SNP based method 2021-12-15发布 2022-06-01实施 中华人民共和国农业农村部发布 NY/T 2745—2021 厂食典通 本文件按照GB/T1.1一2020《标准化工作导则第1部分：标准化文代的结构和起草规则》的规定 起草。 请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。 本文件代替NY/T27452015《水稻品种鉴定SNP标记法》，与NY/T2745—2015相比，除结构调 整和编辑性改动外，主要技术变化如下： a）推荐了分别用于品种真实性验证和身份鉴定的SNP位点组合及其相应的分型方法； b）增加了结果报告。 本文件由农业农村部种业管理司提出。 本文件由全国农作物种子标准化技术委员会（SAC/TC37）归口。 本文件起草单位：中国水稻研究所、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、全国农业技术推广服 务中心。 本文件主要起草人：魏兴华、刘丰泽、韩斌、徐群、冯旗、赵妍、支巨振、周泽宇、杨窑龙、冯跃、任雪贞、王 珊、章孟臣。 行业标准信息服务平台 I NY/T 2745—2021 水稻品种真实性鉴定 SNP标记法 1范围 本文件规定了利用SNP标记法进行水稻（OryzasatiuaL.）品种鉴定的术语和定义、缩略语、原理和 总则、试验条件、试剂和材料、仪器设备、样品、检测程序、结果计算与表示和结果报告。 本文件适用于水稻品种的真实性验证、真 性身份鉴定， 也适用于品种关系鉴定。 2规范性引用文件 中，注日期的引用文件，仅 下列文件中的内容通过义 该日期对应的版本适用于 文件 ING GB/T 6682 3术语和定义 适用 下列术语和负 义 3. 1 单核苷酸多态性 siugl mucleotidepolymorphism( SNI 在基因组水平 3.2 U 品种真实性验 variety 与其对应品 称的标准样品 检测证 用 标准样品的 情况下，可用对照样品 品进才！ 3.3 品种真实性身份 vari dentification 通过与标准样品D 成筛香比较，确定供检样品的真实品 3. 4 标准样品 sample standard 国家指定机构保存的具有法定身份前代 种特征特性的实物种子或D 4缩略语 下列缩略语适用于本文件。 CTAB：十六烷基三甲基溴化铵（cetyltrimethylammoniumbromide）。 DNA：脱氧核糖核酸（deoxyribonucleicacid）。 KASP：竞争性等位基因特异性PCR（kompetitiveallelespecificPCR）。 PCR：聚合酶链式反应（polymerasechainreaction）。 5 原理和总则 5.1原理 水稻不同品种的基因组存在着能够世代稳定遗传的单核苷酸多态性（SNP)差异，利用SNP差异，通 过与标准样品DNA指纹数据比对或筛查的方式，进行品种真实性验证和品种真实性身份鉴定。 5.2总则 1 NY/T2745—2021 5.2.1应依据“适于检测日的”的原则，统筹考虑检测规模和检测能力，择定适宜的检测平台、引物或探 针、样品数量，经过验证，制定相应的检测方案；品种真实性验证依据SNP位点差异数日进行判定，品种真 实性身份鉴定依据SNP位点相似度进行判定。品种关系鉴定可采用品种真实性身份鉴定的检测方案。 5.2.2本文件避选了96个SNP位点用于品种真实性验证，引物信息、等位变异、参照样品信息及位点信 息详见附录A。50420个SNP位点用于品种真实性身份鉴定，位点信息详见种业大数据平台。品种真实 性验证允许采用序贯方式检测，若检测到可排除两者为同一品种的差异位点数的，可终止检测。 5.2.3本文件推荐了基于KASP技术的荧光原位扫描和基于激光微刻SNP芯片分型2个检测平台。 6试验条件 真实性鉴定应在有利于检测正确实施的控制条件下进行，包括但不限于下列条件： 种子检验人员具备熟悉所使用检测技术的知识和技能； 所有仪器与使用的技术相适应，并已经过定期维护、验证和校准； 使用适当等级的试剂和灭菌处理的耗材； 使用校准检测结果评定的适宜参照样品。 7试剂和材料 7.1DNA提取 7.1.1 CTAB[CH33(CH3)3NBr,CAS号:57-09-0]。 7.1.2三氯甲烷（CHCl3，CAS号：67-66-3）。 7.1.3异戊醇（C,H12O,CAS号：123-51-3)。 7.1.4异丙醇（CHO,CAS号：67-63-0）。 7. 1. 5 乙二胺四乙酸二钠（CHuNNaz2O：2H2O.CAS号：139-33-3）。 7. 1. 6 三羟甲基氨基甲烷[NH,C(CH,OH)：，CAS号：77-86-1]。 7. 1.7 氢氧化钠（NaOH，CAS号：1310-73-2）。 7. 1.8 氯化钠（NaCI,CAS号：7647-14-5）。 7.1.9无水乙醇（CH，CHOH,CAS号：64-17-5）。 7. 1. 10 盐酸（HCI,CAS号：7647-01-0）。 7.1.11β巯基乙醇(C,H:OS,CAS号：60-24-2) 7.2SNP基因分型 7.2. 1 2XPCR MIX。 7.2.2引物工作液。 7.2.3定制芯片及配套试剂。 8仪器设备 8.1 高速冷冻离心机：转速≥12000r/min 8.2微量移液工作站或微量移液器。 8.3水浴锅或干式恒温金属浴：20℃~100℃ 8.4紫外分光光度计：波长定点扫描230nm、260nm和280nm。 8.5组织研磨仪。 8.6分析天平：感量为0.01g。 8.7 pH计。 2