ICS 65.020.30 B 43 中华人民共和国国家标准 GB/T 40184—2021 畜禽基因组选择育种技术规程 Technical code of breeding practice with genomic selection for livestockandpoultry 2021-05-21发布 2021-12-01实施 国家市场监督管理总局 发布 国家标准化管理委员会 GB/T 40184—2021 前言 本标准按照GB/T1.1一2009给出的规则起草。 本标准由中国标准化研究院提出并归口。 本标准起草单位：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所、华中农业大学、中国农业大学、中国农业科 学院深圳农业基因组研究所、中国标准化研究院 本标准主要起草人：李奎、刘志国、赵书红、刘剑锋、储明星、赵桂苹、李新云、唐中林、丁向东、刘小磊、 项韬、牟玉莲、王冰源、马爱进。 1 GB/T 40184—2021 畜禽基因组选择育种技术规程 1范围 本标准规定了畜禽基因组选择育种操作步骤要求 本标准适用于猪、牛、山羊、绵羊和鸡基因组选择育种，其他动物育种可参考使用。 2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文 件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件 GB/T6501羊毛纤维长度试验方法梳片法 GB/T11603 羊毛纤维平均直径测定法 气流法 GB/T 22283 长白猪种猪 GB/T22284 大约克夏猪种猪 GB/T 22285 杜洛克猪种猪 GB/T 31016 移动实验室样品采集与处理通用技术规范 GB/T32134 羊毛颜色测定方法 GB/T32759 瘦肉型猪活体质量评定 GB/T35568 中国荷斯坦牛体型鉴定技术规程 GB/T35569 中国荷斯坦牛公牛后裔测定技术规程 NY/T 821 猪肌肉品质测定技术规范 NY/T 822 种猪生产性能测定规程 NY/T 825 瘦肉型猪体性状测定技术规范 NY/T 828 肉鸡生产性能测定技术规范 NY/T 1236 绵、山羊生产性能测定技术规范 NY/T1450 中国荷斯坦牛生产性能测定技术规范 NY/T 1673 畜禽微卫星DNA遗传多样性检测技术规程 NY/T 1872 种羊遗传评估技术规范 NY/T2123 蛋鸡生产性能测定技术规范 NY/T2660 肉牛生产性能测定技术规范 NY/T 2894 猪活体背厚和眼肌面积的测定 B型超声波法 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 基因组选择 genomicselection 利用覆盖于全基因组的遗传标记估计或预测畜禽个体育种值，从而实现个体遗传评估并进行种用 个体选择的方法。 1 GB/T40184—2021 3.2 参考群 referencepopulation 同时具有基因组信息与表型测定信息的个体所组成的群体。 3.3 候选群 candidate population 只有基因型，需利用参考群建立的模型才能预测其个体育种值的个体，即初步确定为留种对象的个 体所组成的群体。 3.4 遗传背景 genetic background 4 操作步骤要求 4.1 参考群建立 4.1.1 群体规模 根据畜禽品种和目标性状选择适度的群体规模，参考群体规模越大，基因组选择准确性越高。 4.1.2群体遗传背景 宜选择遗传背景相近（如同一品种），具有群体代表性的个体构建参考群。 4.2 表型测定 畜禽表型测定要求见表1。 表1畜禽表型测定要求 畜禽物种 表型测定 标准 瘦肉型猪活体质量测定 GB/T32759 猪活体背厚和眼肌面积 NY/T 2894 猪肌肉品质测定的指标、方法和条件 NY/T 821 瘦肉型猪躺体性状测定的方法 NY/T 825 猪 种猪生产性能中心测定的基本条件，受测猪的选择， NY/T 822 测定项目、方法及结果的评定方法 种猪性能要求(长白猪种猪) GB/T22283 种猪性能要求（大约克夏猪种猪） GB/T 22284 种猪性能要求（杜洛克猪种猪） GB/T 22285 中国荷斯坦牛体型鉴定 GB/T35568 奶牛 中国荷斯坦牛公牛后裔测定 GB/T35569 中国荷斯坦牛生产性能测定 NY/T1450 肉牛 肉牛生产性能测定 NY/T2660 绵、山羊生产性能测定 NY/T1236 绵羊、山羊 系谱记录 NY/T1872 羊毛纤维长度试验方法 梳片法 GB/T 6501 2 GB/T 40184—2021 表1 (续) 畜禽物种 表型测定 标准 羊毛纤维平均直径测定法气流法 GB/T11603 绵羊、山羊 羊毛颜色测定方法 GB/T 32134 蛋鸡 蛋鸡生产性能测定 NY/T 2123 肉鸡 肉鸡的生产性能测定 NY/T 828 4.3基因型测定 4.3.1采样 对于应进行基因分型检测的个体采集生物样本。生物样本包括血液、尾巴和耳朵皮肤等可提取 DNA的组织。样品采集应避免个体间DNA交叉污染，每个个体的采样工具应更换或清洗，按照 GB/T31016的规定执行。 4.3.2DNA提取 所提取的DNA应符合基因芯片或测序对样品质量和数量的要求。DNA提取方法按照NY/T1673 的规定执行。 4.3.3基因型测定方法 可采用全基因组SNP（单核苷酸多态性）芯片或测序方式对所采集的生物样品进行基因分型。 4.4预测方程构建 选择育种值预测方程。 4.4.2基因组选择的育种值预测方程宜选择GBLUP（基于基因组信息的最佳线性无偏估计）类方法、 利用系谱信息、基因分型信息和表型信息的一步法模型构建预测方程。 4.5候选群个体遗传评估及选留 4.5.1候选群个体确定 根据育种目标，选留符合要求的个体，候选个体应尽量和参考群有亲缘关系。 4.5.2基因型测定 按照4.3的规定执行。 4.5.3个体基因组遗传评估 使用4.4中建立的预测方程对个体进行遗传评估。 4.5.4种用个体选留 根据生理健康状况、综合选择指数排序、近交系数大小、体型等因素综合考虑，确定种用个体的选 留。种猪性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285规定执行。 GB/T 40184—2021 表1 (续) 畜禽物种 表型测定 标准 羊毛纤维平均直径测定法气流法 GB/T11603 绵羊、山羊 羊毛颜色测定方法 GB/T 32134 蛋鸡 蛋鸡生产性能测定 NY/T 2123 肉鸡 肉鸡的生产性能测定 NY/T 828 4.3基因型测定 4.3.1采样 对于应进行基因分型检测的个体采集生物样本。生物样本包括血液、尾巴和耳朵皮肤等可提取 DNA的组织。样品采集应避免个体间DNA交叉污染，每个个体的采样工具应更换或清洗，按照 GB/T31016的规定执行。 4.3.2DNA提取 所提取的DNA应符合基因芯片或测序对样品质量和数量的要求。DNA提取方法按照NY/T1673 的规定执行。 4.3.3基因型测定方法 可采用全基因组SNP（单核苷酸多态性）芯片或测序方式对所采集的生物样品进行基因分型。 4.4预测方程构建 选择育种值预测方程。 4.4.2基因组选择的育种值预测方程宜选择GBLUP（基于基因组信息的最佳线性无偏估计）类方法、 利用系谱信息、基因分型信息和表型信息的一步法模型构建预测方程。 4.5候选群个体遗传评估及选留 4.5.1候选群个体确定 根据育种目标，选留符合要求的个体，候选个体应尽量和参考群有亲缘关系。 4.5.2基因型测定 按照4.3的规定执行。 4.5.3个体基因组遗传评估 使用4.4中建立的预测方程对个体进行遗传评估。 4.5.4种用个体选留 根据生理健康状况、综合选择指数排序、近交系数大小、体型等因素综合考虑，确定种用个体的选 留。种猪性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285规定执行。 GB/T 40184—2021 表1 (续) 畜禽物种 表型测定 标准 羊毛纤维平均直径测定法气流法 GB/T11603 绵羊、山羊 羊毛颜色测定方法 GB/T 32134 蛋鸡 蛋鸡生产性能测定 NY/T 2123 肉鸡 肉鸡的生产性能测定 NY/T 828 4.3基因型测定 4.3.1采样 对于应进行基因分型检测的个体采集生物样本。生物样本包括血液、尾巴和耳朵皮肤等可提取 DNA的组织。样品采集应避免个体间DNA交叉污染，每个个体的采样工具应更换或清洗，按照 GB/T31016的规定执行。 4.3.2DNA提取 所提取的DNA应符合基因芯片或测序对样品质量和数量的要求。DNA提取方法按照NY/T1673 的规定执行。 4.3.3基因型测定方法 可采用全基因组SNP（单核苷酸多态性）芯片或测序方式对所采集的生物样品进行基因分型。 4.4预测方程构建 选择育种值预测方程。 4.4.2基因组选择的育种值预测方程宜选择GBLUP（基于基因组信息的最佳线性无偏估计）类方法、 利用系谱信息、基因分型信息和表型信息的一步法模型构建预测方程。 4.5候选群个体遗传评估及选留 4.5.1候选群个体确定 根据育种目标，选留符合要求的个体，候选个体应尽量和参考群有亲缘关系。 4.5.2基因型测定 按照4.3的规定执行。 4.5.3个体基因组遗传评估 使用4.4中建立的预测方程对个体进行遗传评估。 4.5.4种用个体选留 根据生理健康状况、综合选择指数排序、近交系数大小、体型等因素综合考虑，确定种用个体的选 留。种猪性能要求按照GB/T22283、GB/T22284、GB/T22285规定执行。