ICS 65.020 B 60 中华人民共和国林业行业标准 LY/T 3191—2020 林木DNA条形码构建技术规程 Technical regulations of DNAbarcodes in woody species 行业标准信息服务平台 2020-03-30发布 2020-10-01实施 发布 国家林业和草原局 LY/T3191—2020 前言 本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。 本标准由国家林业和草原局提出。 本标准由全国林木种子标准化技术委员会（SAC/TC115）会归口。 本标准起草单位：中国林业科学研究院热带林业研究所，湖南省林业科学院，中国科学院华南植物 园，中国科学院植物研究所，江西农业大学林学院。 本标准主要起草人：裴男才、梁军生、陈步峰、葛学军、米湘成、刘娟。 行业标准信息服务平台 1 LY/T3191—2020 林木DNA条形码构建技术规程 1范围 本标准规定了林木DNA条形码构建中样本采集策略、核心DNA条形码片段选取标准、DNA提取 技术和保存、序列测定和编辑方法、系统发育关系构建等技术要求。 本标准适用于林木DNA条形码的构建。 2规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。 凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。 SN/T4625-2016DNA条形码筛选与质量要求 SN/T4626-2016DNA条形码物种鉴定操作规程 SN/T4714-2016DNA条形码数据库技术规范 3术语和定义 下列术语和定义适用于本标准。 3.1DNA条形码DNAbarcodes 是从线粒体、叶绿体或核基因组区域中筛选的一段短的通用的DNA序列，以期对现存生物在物种 水平上进行快速而准确的识别和鉴定。 3.2引物Primer 是一小段单链DNA或RNA，作为DNA复制的起始点，在核酸合成反应时，作为每个多核苷酸链进 行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链。 3.3聚合酶链式反应PolymeraseChainReaction(PCR) 一种体外酶促合成特异DNA片段的方法，由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个 周期，循环进行，使目的DNA得以迅速扩增，具有特异性强、灵敏度高、操作简便省时等特点。 3.4DNA序列DNAsequence 1 LY/T 3191—2020 多核苷酸链中的核苷酸的排列顺序。可能的字母只有A、C、G和T，分别代表组成DNA的四种核苷 酸一一腺嘌呤，胞嘧啶，鸟嘌呤，胸腺啶；无间隔地排列在一起，例如序列AAAGTCTGAC。 对DNA分子的核苷酸排列顺序的测定，也就是测定组成DNA分子的A、T、G、C的排列顺序。 3.6系统发育关系Phylogeny 生物有机体随着时间变化而呈现的起源、演化历史及其亲缘关系。 一款用于构建进化树（系统发育树)及进行相关检验的软件，包含了众多分子进化模型和方法，可利 用最大似然法、简约法、距离法等分析分子数据(DNA、蛋白质序列)、形态数据及其他类型数据。 3.8系统发育研究赛百平台CyberinfrastructureforPhylogeneticResearch（CIPRES) 一款为科研机构和研究人员设计和开放的远程超级计算机平台，可满足巨量数据的运行要求，能大 幅节约时间成本，提高运算结果的可靠性。 一款操作便捷、功能强大的分子进化遗传分析免费开源软件，可与其他在线公共超算平台互补。 3.10DNA条形码系统发育R包Phylotools 一款可自动进行大规模DNA序列排列和比对的软件，可构建基于多个条形码片段的超级矩阵，获 取群落水平系统发育关系。经过非参数速率平滑NPRS法(r8s)转换后的进化树，就可以进行相应的群落 系统发育分析。此外，可根据实际情况增加MAFFT等算法更新、运行速度更快的比对软件，获得更准 行业标准信 确的分析结果。 4样本采集策略 4.1采集部位。干净的成熟叶片最佳，特殊情况下可采集枝条、树根和树皮韧皮部等材料；避免采 集被虫咬、有病菌的叶片。 4.2样品重量。阔叶树叶片5-10片，细羽状复叶或针叶树叶片5-10克；足够用于DNA提取。 4.3样品数量。常见种3-5个来源于不同居群的个体，稀有种尽量多采集；避免样品中出现错误鉴 定的物种。 4.4样品编号。结合样地中物种号和树牌号进行编号；多个个体时，需作区分；如樟树-1(+树牌号) 樟树-2(+树牌号)。详细记录采集时间。 2